pH值 pH值主要影响细菌对营养物质的吸收和酶的活性等。任何细菌都有其生长的最适宜的pH值和一定的pH范围。大多数细菌的最适宜pH为6.5-7.5，但在pH=4-10之间也可以生长。当pH值超过最低或最高值时，将引起细菌死亡。因此在配制培养基时要加入缓冲剂以维持稳定的pH值。
紫外线 许多微生物在日光直接照射下容易死亡。光谱中对微生物危害最大的额是紫外线部分，尤其以波长为250-280nm的紫外线毁灭力最强。紫外线的杀菌机制完全是由于光化学反应对细菌特别是细胞核的摧毁作用，故紫外线是强杀菌剂。日光直接照射几小时，能杀死大多数病原细菌。但紫外线穿透能力差，故紫外线灭菌只适用于空气及物体表面消毒，在无菌室或无菌箱中用得较多。
干燥 水分对于维持细菌的正常生命活动是必不可少的，环境干燥会导致细胞失水，造成代谢停止以致死亡。各种细菌对干燥的抵抗力不同，一般来说，有荚膜、芽孢的细菌抗干燥能力较强，其他微生物的休眠孢子亦有很强的抗干燥力。菌种保藏中就有用真空干燥法来保藏细菌的。
化学药剂 化学药剂对微生物生活影响很大。强氧化剂可使细菌正常代谢受阻碍而死亡。液氯和漂白粉常用于饮用水或游泳池水，的消毒;1份生石灰加4-8份水制成石灰乳，可有效地用于粪便和其他排泄物的消毒。重金属离子中以Hg+、Ag+、Cu2+、的杀菌力最强，如红汞就是常用消毒剂之一。有机物可作为细菌的营养物质，但有些有机物达到一定浓度时却对细菌有毒害作用。例如浓度0.1%的石灰酸溶液就有抑菌作用，浓度达到3%-5%，几分钟就有良好的杀菌效果，不过细菌的芽孢在5%的石灰酸溶液中仍可存活几小时。纯酒精不具杀菌能力，而75%酒精杀菌力最强，2%的龙胆紫和3%-5%的来苏水(甲酚与肥皂的混合液)是常用的皮肤消毒剂。许多染料有杀菌作用，特别是碱性染料，在低浓度下即可抑制细菌尤其是革兰氏阳性菌的生长。由于这些染料具有选择性抑菌的特点，故常在培养基中加入低浓度的染料(1:100,000)如孔雀绿、结晶紫等配成选择培养基，用以选择革兰氏阴性菌生长，此法可用于大肠杆菌的鉴别试验。
抗菌素 大多数抗菌素是由微生物合成的代谢产物，具有低浓度时就可抑制或致死其他微生物是作用，是现代医疗中经常使用的药物。