水的卫生细菌学检验主要包括两个常规项目：(1)水中细菌总数的测定;(2)水中总大肠菌群的测定。
对水样进行细菌学检验时，必须严格注意一下细节：
1)水样必须收集在经过预先灭菌处理的采样瓶中，并保证在采集、运送、保存过程中不受污染。
2)水样在采集后应尽可能迅速检验，若需推迟检验，应贮藏在0-10℃的温度下(通常是贮藏于4℃的冰箱)，保持时间不得超过4h。
3)所取水样必须能够代表该水质。
4)自来水、深井水等清洁水，可直接用于检验;水源水及生活污水一般要稀释后才能用于检验。稀释倍数视水的污染程度而定。
5)细菌培养时需要在同等条件下作空白对照培养。
水中细菌总数的测定——平板计数法
水中的细菌种类繁多，各种细菌的生理特性不完全一致。没有任何一种单独的培养基能满足水中所有细菌的营养要求，但大多数细菌在营养琼脂培养基上生长良好。因此，水中细菌总数是指1mL水样在营养琼脂培养基上于37℃培养24h后生长的细菌菌落总数，所得结果只包括一群能在营养琼脂上发育的嗜中温的需氧的细菌菌落总数。在37℃下培养的细菌，可代表在人的体温下可繁殖的腐生细菌，其卫生意义相对较大。但水中细菌总数主要是作为水被细菌污染程度的指标，不能说明污染的来源，因此必须结合大肠菌群数来判断水污染的来源和安全程度。
采用平板计数技术测定水中的细菌总数，是将水样接种于营养琼脂培养基上，于37℃培养24h，在培养基表面会生长出肉眼可见的菌落。每个独立的菌落可代表培养前水中的一个细菌。通过菌落计数和计算，报告每毫升原水样中的细菌总数。鉴于水中的细菌细胞是以单个、成双、成链或成堆的形式存在，因而在营养琼脂平板上出现的菌落可以来源于细胞块也可来源于单个细胞，故而平板上生长的菌落数应以单位容量中的菌落形成单位数(Colony Forming Units CFU)报告，即CFU/mL。