水质检验的质量保证关键在于实验室的质量控制，其中水样的采集与保存、量器的容量检定、分析用纯水的制备与质检、分析仪器的性能检定与维护管理，是控制水质检验质量的前提。
实验室质量控制包括实验室内质量控制和实验室间质量控制，其目的要把检验分析误差控制在容许限度内，保证测量结果有一定的精密度，使分析数据在给定的置信水平内，有把握达到所要求的质量。
1、实验室内质量控制
又称内部质量控制，它是实验室分析人员对分析质量进行自我控制的过程。例如依靠自己配制的质量控制样品，通过分析并应用某种质量控制图或其他方法来控制分析质量。它主要反映的是分析质量的稳定性如何，以便及时发现某些偶然的异常现象，随时采取相应的校正措施。实验室内质量控制是保证各实验室提供准确可靠分析结果的必要基础，也是保证实验室间质量控制顺利进行的关键。
2、实验室间质量控制
又称外部质量控制，是指由外部的第三者如上级监测机构，对实验室及其分析人员的分析质量，定期或不定期实行考查的过程。它一般是采用密码标准样品来进行考查，以确定实验室报出可接受的分析结果的能力，并协助判断是否存在系统误差，和检查实验室间数据的可比性。
我国城市供水协会于1991年起，开始实施水质检测实验室质量控制工作。这项工作的开展对我国供水行业的水质检测水平是一个检验和提高的过程，由于质量控制工作的实践，推动了供水行业水质检测工作的迅速发展。