天然水的细菌性污染主要是由于粪便污水的排入而引起的。在健康人的粪便中一般只有肠道正常细菌，很少见到病原菌，而在肠道传染病患者的粪便中有大量肠道病原菌存在。判断水质是否安全可靠适于饮用，最好检验水中是否存在病原微生物。但由于致病菌在水中被稀释，数量较少，容易被漏检，而且技术较为复杂，所需时间长，即使检测结果为阴性，在卫生上也不能保证安全。因此，一般不直接检测水中的病原微生物，而是采用间接指标即粪便污染指示菌作为代表，检测水体近期是否受到粪便污染。若在水中检出粪便污染指示菌，则说明水体被粪便污染，亦即有被病原微生物污染的可能性，预示该水体卫生细菌学指标上不安全。
粪便污染的指示菌 — — 粪便污染指示菌的理想条件
可选作粪便污染指示菌的细菌需具有以下条件：
（1）、该指示菌仅在人的肠道生存并大量存在于人的粪便中，而且数量较病原菌为多;
（2）、该指示菌进入水体后不再自行繁殖;
（3）、该指示菌在水中存活时间应与病原菌基本一致或略长，对消毒剂等不良因素的抵抗力略强于病原菌;
（4）、检出和鉴定方法简单迅速，即使很少也能检验出来。