由于要求指示菌的条件较多，在众多的人粪便细菌中，没有一种是理想的指示菌。故只能在其中选择相对较为合适的细菌作为粪便污染指示菌。在正常人粪便中常见、数量最多的是拟杆菌属、乳酸杆菌属细菌，但它们作为专性厌氧菌，在排出人体外接触O2就迅速死亡，且检验技术比较复杂，不宜选作粪便污染指示菌。其次是以大肠埃希氏菌(通称大肠杆菌)为代表的肠杆菌科细菌和粪链球菌等好氧或兼性厌氧菌，约占粪便总菌数的1/100。其中大肠杆菌的生活习性与肠道病原菌较为接近，对氯的抵抗能力与病原菌较为相似而比粪链球菌强，在水中存活的时间亦与病原菌基本一致而长于粪链球菌，而且数量较多，易于培养，即使被稀释数万倍也易检出，比较符合粪便污染指示菌的条件。而粪链球菌由于抵抗力比病原菌弱，如果水中不会自行繁殖，因此，水中若发现粪链球菌存在，则可确定水体正受粪便污染。
目前，国内外多数采用以大肠杆菌为主的组群细菌— —大肠杆菌来作为粪便污染指示菌，以大肠杆菌数作为水的卫生质量指数，即根据水中大肠杆菌的数目判断水源是否被粪便污染，并间接推测水源受肠道病原菌污染的可能性。为更准确地了解粪便污染情况，必要时选取粪链球菌作为水质卫生评价的一个补充参数。另外，粪便细菌中有一种产气荚膜梭菌，可以作为陈旧粪便污染的指示菌。因为这种产气荚膜梭菌可形成芽孢，能在水中长期生存。若水中未发现大肠菌群和粪链球菌，而检出了产气荚膜梭菌，则可表明该水体在以前曾受到过粪便污染。