显微镜是细菌检测实验的必备仪器。常用的光学显微镜，有单目或双目的类型。其机械和光学两部分。机械部分主要包括：镜筒、载物台、准焦螺旋，光学部分主要包括：接目镜、接物镜、集光器、反光镜。
(1) 光学系统的安装 安装光学系统时应先插入目镜，再旋人物镜，其顺序不得颠倒。然后再装聚光镜和反射镜。安装物镜必须按顺时针方向进行。要先安低倍镜，再安高倍镜，最后装油镜。
(2) 水质监测中光轴的调整：
1) 调整集光器支架两边的光轴校正螺丝，使之合轴。
2) 某些显微镜的集光器是由框架上三个相隔120°角的螺丝支持的，其中一个裝有弹簧，可以伸缩，其余两个可以旋转。调整这三个螺丝，可使聚光器在水平面上移动位置，从而使之合轴。
显微镜的光轴一次校好后，无特殊情况时不必经常校正。
(3) 水质监测中显微镜的调焦
显微镜分辨被检物体微細结构的能力，主要由物镜决定。因此， 必须严格掌握物镜的正确调焦。
先俯身侧视，用粗准焦螺旋(粗调螺旋)降下镜筒，使低倍镜的前透镜与载玻片之间的距离略小于该物镜的工作距离(约5mm)。然后，从目镜中观察视野，同时旋动粗准焦螺旋使镜筒缓慢地上升(注意，此时镜筒只许上升，不得下降)，待初见物象，即改用细准焦螺旋(微调螺旋)调至物象最清晰为度。从低倍镜换用高倍镜时，如系原配物镜系统，所用载玻片及盖玻片也符合标准(其厚度，前者为1.0-1.1mm,后者不超过 0.15mm)，便可直接将高倍镜旋入光轴，再用细准焦螺旋稍加调节即可。否则，应将镜筒升高，转换高倍镜，然后按上述步骤重新调焦。