底质能记录特定水环境的污染历史，反映难降解物质的积累情况，以及水体污染潜在的危险。底质的性质对水质、水生生物有着明显的影响，是天然水是否被污染及污染程度的重要标志。
底质检测断面的设置原则与水质检测断面的设置原则相同但底质受水文、气象条件的影响较小，故采样频率远低于水样，一般每年枯水期采样一次，必要时可在丰水期采集一次。
底质采样量一般为1-2kg，如样品不易采集或测定项目较少时，可予酌减。采集表层底质样品一般用挖式(或抓式)采样器或锥式采样器。前者适用于采样量较大的情况，后者适用于采样量较少的情况。管式泥芯采样器用于采集柱状样品，以分析底质中污染物质的垂直分布情况。如果水域水深小于3m，可将竹竿粗的一端削成尖头斜面，插入床底采样。当水深小于0.6m，可用长柄塑料勺直接采集表层底质。