水样保存的方法有以下几种：
(1)冷藏或冷冻 利用冷冻剂或放在冰箱里将水样保存在4℃左右。冷藏可减少组分的挥发，可减缓化学和生物化学反应的速度，从而使样品保持相对稳定。这种保存方法对以后的分析测定设有妨碍。
(2)化学保存法
1)加入生物抑制剂 在水样中加入一定量的化学试剂，作抑制剂、杀菌剂或防腐剂，抑制微生物的作用。
2)调节pH值 加酸调节pH小于2以防止金属离子水解析出和被器壁吸附;对某些不适合加酸的水样，如测定氰化物、溶解氧的水样加碱保存。
3)加入氧化剂或还原剂 如测定汞的水样需加入HNO3(至pH小于1)和K2Cr2O7(0.05%)使汞保持高价态;测定硫化物的水样，加入抗坏血酸，可以防止被氧化;测定溶解氧的水样需加入少量硫酸锰和碘化钾固定溶解氧(还原)等。
总之，在水样中加入一定的化学试剂，使水样的成分、状态和其中离子的价态保持相对稳定。加入的保存剂应该是高纯试剂，必要时甚至要对保存剂进行空白试验。且加入的保存剂不能干扰以后的测定。部分水质监测项目的样品保存方法见附录8.