采集的环境水样，其组成可能是相对复杂的。在对水样进行正式的分析测定前，常常有必要对水样作一些适当的前处理。其主要方法有：
水样浑浊会影响分析结果。用适当孔径的滤器可以有效地除去藻类和细菌，滤后的样品稳定性更好。一般地说，可用澄清、离心、过滤等措施来分离悬浮物。国内外已采用以水样是否能够通过孔径为0.45μm滤膜作为区分可过滤态与不可过滤悬浮态的条件，把能够通过为0.45μm微孔滤膜的部分称为“可过滤态”部分，把不能通过的称为“不可过滤态”部分。
要测定可过滤态金属，应在采样后立即用0.45μm微孔滤膜过滤，并将滤液酸化至pH<2，保存于聚乙烯瓶中。不能先酸化后过滤。因为酸化之后，就改变了水体中原有的化学平衡，使颗粒物、悬浮物上的金属有部分转入溶液之中，所得“可过滤金属”就不能代表原水体的真实情况，使测定值偏高。
酸化水样所用的酸，可根据待测物的性质和所加酸的基体对以后测定方法的影响来决定。如：用火焰原子吸收法测定，可用硝酸、盐酸酸化，因为这两种酸介质对火焰原子吸收测定影响均很小，而一般不用硫酸，因硫酸会在火焰中产生分子吸收，或使待测金属原子受到抑制。但对于一些光度法，则有一些特殊得要求。如用二乙氨基二硫代甲酸银光度法测定砷，宜用硫酸酸化，因为大量硝酸对该方法有干扰。另外，大多数分析纯的酸都含有痕量金属(≤1.0mg/L)，对于清洁环境水样中的许多金属的浓度都在10-1-10.0μg/L(如Cu、Pb、Zn、Ni、Cr、As)或在10-2μg/L(如Hg、Cd、Se)，用这种纯度的酸进行酸化时或消解水样，引起的沾污太大，空白值太高，显然是不合适的，应使用MOS(工艺纯)试剂酸，或用压沸蒸馏新提纯制得的酸。但对于工业废水，待测金属浓度较高，使用一级纯酸或分析纯酸来酸化样品已满足要求。